学院目前拥有中医学、中药学2个硕士学位授权一级学科,中西医结合基础、中西医结合临床2个硕士学位授权二级学科,中医基础理论、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医临床基础、中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、中医骨伤科学、针灸推拿学、民族医学、中西医结合基础、中西医结合临床、中药学16个硕士学位授权点。2002年起与南京中医药大学联合培养中医儿科学博士研究生。2009年2月经甘肃省学位委员会批准,学院成为甘肃省2008-2015年博士学位授予单位立项建设单位。
可授予医学、理学、工学、管理学等学位。
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